此时，苏轼的一个好友王诜，是他印了苏轼的诗集，听到这个消息，赶紧派人去给南部的苏辙送信，苏辙立刻派人去告诉苏轼，朝廷派出的皇差皇甫遵也同时出发，但苏辙的人先到，苏轼知道消息，立即请假，由祖通判代行太守之职。
皇甫遵到时，太守官衙的人慌做一团，不知会有什么事发生。苏轼不敢出来，与通判商量，通判说躲避朝廷使者也无济于事，最好还是依礼迎接他，应当以正式官阶出现。于是苏轼穿上官衣官靴，面见官差皇甫遵。
苏轼首先说话：“臣知多方开罪朝廷，必属死罪无疑。死不足惜，但请容臣归与家人一别。”
皇甫遵淡然道：“并不如此严重。”命士兵打开公文一看，原来只是份普通公文，免去苏轼的太守官位传唤进京而已，要苏轼立即启程。苏轼归看家人时，全家大哭。苏轼笑着说了一个故事安慰他们：
“宋真宗时代，皇帝要在林泉之间访求真正大儒。有人推荐杨朴出来。杨朴实在不愿意，但是仍然在护卫之下启程前往京师，晋见皇帝。皇帝问道：‘我听说你会作诗？’杨朴答道：‘臣不会。’他想演示自己的才学，抵死不愿作官。皇帝又问：‘朋友们送你时，赠给你几首诗没有？’杨朴回答道：‘没有，只有拙荆作了一首。’皇帝又问：‘是什么诗，可以告诉我吗？’于是杨朴把临行时太太做的诗念出来：更休落魄贪酒杯，且末猖狂爱咏诗。今日捉将官里去，这回断送老头皮。”
家人听了故事，心里稍安。
太守官衙的人全都吓得手足无措，个个躲躲藏藏，只有王氏兄弟和陈师锡设酒筵饯别。但老百姓都出来看太守启程，县志记载，老百姓都泪如雨下。苏轼途经扬州江面和太湖时，都想跳水自杀。他不知道要判什么罪，并且怕他的案子会牵连好多朋友。等再一想，真跳了水，又会给弟弟招致麻烦。不然，后人就见不到赤壁怀古和赤壁赋了。家里烧了他大部分与友人的通信和手稿，家人到了安徽宿县，御史台又派人搜查他们的行李，找苏轼的诗，书信和别的文件。后来苏轼发现自己的手稿残存者不过三分之一。
苏轼七月二十八日被逮捕，八月十八日送进御史台的监狱。二十日，被正式提讯。
苏轼先报上年龄，世系，籍贯，科举考中的年月，再叙历任的官职和有他推荐为官的人。他说，自为官始，他曾有两次记过记录。依次是任凤祥通判时，因与上官不和而未出席秋季官方仪典，被罚红铜八斤。另一次是在杭州任内，因小吏挪用公款，他未报呈，也被罚红铜八斤。“此外，别无不良记录”。
最初，苏轼承认，他游杭州附近村庄所作的《山村五绝》里“赢得儿童语音好，一年强半在城中”是讽刺青苗法的，“岂是闻韶解忘味，迩来三月食无盐”是讽刺盐法的。除此之外，其余文字均与时事无关。
到二十二日，御史台审问他《八月十五日看潮》里“东海东海若知明主意，应教斥卤变桑田”两句的用意，他拖到二十四日，才被逼按舒蛋定的调子，说是“讽刺朝廷水利之难成”。至于《戏子由》诗违抗“朝廷新兴律”的主旨，直到二十八日才作了交代。
到九月份，御史台已从四面八方抄获苏轼寄赠他人的大量诗词。有一百多首在审问时呈阅，有三十九人受到牵连，其中官位最高的是司马光。王安石罢相的次年（1077年），苏轼寄赠司马光一首《独乐园》：“先生独何事，四方望陶冶，儿童诵君实，走卒知司马。抚掌笑先生，年来效喑哑。”实为司马光重登相位大造舆论。御史台说这诗讽刺新法，苏轼供认不讳：“此诗云四海苍生望司马光执政，陶冶天下，以讥讽见任执政不得其人。又言儿童走卒，皆知其姓字，终当进用......又言光却喑哑不言，意望依前上言攻击新法也。”
虽然“罪名成立”，但当时新法已废，凭此罪名不能判重刑，于是御史台又找。找了痛斥“新进”的《和韵答黄庭坚二首》，抨击“生事”的《汤村开运河，雨中督役》诗。前者是与黄庭坚唱和的，后者寄赠好友王诜。
《和韵》诗云：“嘉谷卧风雨，莨莠等我场。阵前漫方丈，玉食惨无光。”苏轼自己解释说，前四句以讥今之小人轻君子，如莨莠之夺嘉谷也，后面意言君子小人各自有时，如夏月蚊虻纵横，至秋自息，言黄庭坚如“蟠桃”，进用必迟；自比“苦李”，以无用全生。又取《诗》（诗经）云：“忧心悄悄，愠于群小。”皆以讥讽当今进用之人为小人也。苏诗巧用“悄悄”、“愠”等词，暗藏“群小”之意。要不是作者解释，还没多少人知其中奥妙。
《汤村》诗云：“居官不任事，萧散羡长卿。胡不归去来，留滞愧渊明。盐事星火急，谁能恤农耕？薨薨晓鼓动，万指罗沟坑。天雨助官政，泫然淋衣缨。人如鸭与猪，投泥相溅惊。下马荒堤上，四顾但湖泓。线路不容足，又与牛羊争。归田虽*辱，岂失泥中行？寄语故山友，慎毋厌藜羹。”苏轼也供认自己确有对盐官在汤村一带开运盐河的不满，“农田未了，有妨农事”，“又其河中间有涌沙数里”不宜开河，“非农事而役农民”，“役人在泥中，辛苦无异鸭和猪”等等。*人指控之下，仗义直言也是罪行。
这些赠黄庭坚、王诜等人的诗文，一时成为轰动朝野的新闻，舒蛋等人趁机落井下石，怂恿副相王圭（加“土”旁）检举苏轼的《王复秀才所居双（木会）》诗。诗云：“凛然相对敢相欺，直干凌空未要奇。根到九泉无曲处，世间惟有蛰龙知。”王圭诬告说：“陛下飞龙在天，轼以为不知己，而求之地下之蛰龙，非不臣而何？”神宗冷静地回答：“诗人之词，安可如此论？彼自咏（木会），何预朕事？”不久，狱吏问苏轼咏（木会）一事，苏轼巧妙答道：“王安石诗‘天下苍生望霖雨，不知龙向此中蟠’，此龙是也。”狱吏会心而笑，那些自称拥护王安石变法的人，连王安石说国“蟠龙”也忘记了。
对苏轼的指控，有的十分牵强，刚才的咏（木会）诗就是一例。还有《杞菊赋》的序言里曾提到吃杞菊的苦种籽，御史认为作者是在直接讽刺全境百姓的贫穷，尤其指朝廷对官吏薪俸的微薄。“生而盲者不识日”是讽刺科举考生的浅陋无知，讽刺考生不通儒学，只知道王安石在《三经新义》里对经书的注释。
苏轼对大部分指控，都坦白承认在诗中批评新政。
在给王诜的诗里，有一行是坐听“鞭笞环呻吟”，又说，“救荒无术归亡逋”，他也提到“虎难摩”是为政贪婪的象征，给李常的诗里，他确是说在密州“洒涕循城拾弃孩”，见到男尸、女尸、婴尸饿死在路边，当时确是“为郡鲜欢”。在给孙觉的诗里，有一行说二人相约不谈政治，是真在一次宴席上约定，谁谈政治就罚酒一杯。给曾巩的诗里说他厌恶那些“聒耳如蜩蝉”的小政客。给张方平的诗里把朝廷比作“荒林蜩（上“札”下“虫”）乱”和“废沼蛙帼淫”，又说自己“遂欲掩两耳”。给范镇的诗里，他直言“小人”，给周（左“分”右包耳，bin）的诗里把当权者暗比作“夜枭”。好友刘恕罢官出京时，苏轼写了两首诗给他：
“敢向清时怨不容，直嗟吾道与君东，坐谈足使淮南惧，归向方知冀北空，独鹤不须惊夜旦，群鸟未可辨雌雄。”
“仁义大捷径，诗书一旅亭。相夸绶若若，犹诵麦青青。腐鼠何老吓，高鸿本自冥。颠狂不用唤，酒尽渐须醒。”
前一首最后一句取自诗经“俱曰予圣，谁识鸟之雌雄”，等于说朝廷上只有一群乌鸦，好坏难辨。后一首表达自己对小人的争权争位不屑一顾。这些无疑会激怒御史台群小，加上他们本就是来迫害苏轼的，所以后者的狱中日子不会好过。
苏轼写《狱中寄子由》说“梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡”，无比凄惨。审讯者常对他通宵辱骂。巨大精神压力下，苏轼写下了“与君世世为兄弟，再结来生未了因”的悲惨诗句。那次是儿子苏迈要离开京城去别处借钱，把送饭的事交给朋友，但是忘了告诉朋友父子之间有约定：送饭只送蔬菜和肉食，若听到坏消息，才送鱼去。巧的是这位朋友恰恰送去熏鱼。苏轼大惊，就给弟弟写了两首诀别诗。
十月十五日，御史台申报苏轼诗案的审理情况，其中辑集苏轼数万字的交代材料，查清收藏苏轼讥讽文字的人物名单，计有司马光、范镇、张方平、王诜、苏辙、黄庭坚等二十九位大臣名士。李定、舒蛋、王圭等欲置苏轼于死地而后快，但神宗一时举棋不定，太祖早有誓约，除叛逆谋反罪外，一概不杀大臣。
同时，正直人士也仗义相救。宰相吴充直言：“陛下以尧舜为法，薄魏武固宜，然魏武猜忌如此，犹能容祢衡，陛下不能容一苏轼何也？”已罢相退居金陵的王安石上书说：“安有圣世而杀才士乎？”连身患重病的曹太后也出面干预：“昔仁宗策贤良归，喜甚，曰：‘吾今又为吾子孙得太平宰相两人’，盖轼、辙也，而杀之可乎？”苏轼未判重罪，这些幕前幕后相救的人功不可没，否则，中国会失去一位光照千古，集词人、诗人、画家、书法家于一身的艺术天才。
但是，御史台的人也在疯狂行动，他们准备把新法反对派一网打尽。李定奏上一本，要求太后国丧时不赦免涉案人员，舒蛋更狠，他奏请将司马光、范镇、张方平、李常和苏轼另外五个朋友一律处死。
十一月二十九日，圣谕下发，苏轼贬往黄州，充团练副使，但不准擅离该地区，并无权签署公文。这样的结果，李定等人自是大失所望。
受到牵连的人中，三个人的处罚较重。驸马王诜因泄露机密给苏轼，而且时常与他交往，调查时不及时交出苏轼的诗文，被削除一切官爵。其次是王巩，被御史附带处置，发配西北。第三个是子由，他曾奏请朝廷赦免兄长，自己愿意纳还一切官位为兄长赎罪，他并没有收到什么严重的毁谤诗，但由于家庭连带关系，仍遭受降职处分，调到高安，任筠州酒监。
其他人，张方平与其他大官都是罚红铜三十斤，司马光和范镇及苏轼的十八个别的朋友，都各罚红铜二十斤。
诗案总算了结了。苏轼出狱当天又写了两首诗，其中一首是：“平生文字为吾累，此去声名不厌低。塞上纵归他日马，城东不斗少年鸡。”要是由御史台的人检查起来，他又犯了对帝王大不敬之罪，“少年鸡”指的是贾昌，贾昌年老时告诉人他在少年时曾因斗鸡而获得唐天子的宠爱，而任宫廷的弄臣和伶人，这一点可引申而指朝廷当政的小人是宫廷中的弄臣和优伶，又是诽谤！
还是那么嚣张啊