灌水太多！水牛都遭不住

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《星战前传：魅影危机》后的第10年，此时银河系正处于一片混乱和动荡之。在变节的杜库伯爵（克里斯托弗·李）策动下，有几千个太阳星系决定一起脱离银河系共和国独立，然而银河系共和国还不具备足够的军事实力来镇压这些分离主义份子，在武力不足的状况下，银河系共和国联合议会决定组成临时军队攻打分离主义份子，而其中的一名议员，也就是纳波星球前任女王阿米达拉（娜塔莉·波特曼）却力排众议，极力反对这种以暴力对抗暴力的策略，因为这会引发银河系内大规模的争斗和屠戮，但并不是每个人都同意阿米达拉维护和平的决心，于是不断有人密谋刺杀阿米达拉，以达到自己不可告人的目的。

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此时已经升任为绝地大师的欧比旺（伊万·麦格雷戈）派出他的徒弟安纳金·天行者)（海登·克里斯滕森），负责保护阿米达拉的安全。在《星战前传》里还是十来岁小男孩的安纳金，此时已成长成英俊挺拔、身手不凡的少年。在护送阿米达拉前往安全避难所的路途，一种青涩而微妙的感情开始在两个年轻人心里滋生，这种感情无疑将会动摇阿米达拉一向以天下为己任的处事态度，也将会挑战安纳金作为绝地武士，而必须恪遵的“无怒、无憎、无情”的不二誓言。

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与此同时，为了彻查星际冲突的根源，欧比旺冒着生命危险深入到遥远的海底世界，他发现，这个一向被认为是蛮荒之地的区域已被人秘密开发，无数的克隆人试验正在紧锣密鼓地实行，这一切甚至可能影响银河共和国的未来命运，星际战争已经箭在弦上，一触即发。

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克隆人战争已经进行了三年。共和国的歼星舰和分裂主义联盟的战舰在首都上空，正进行着一场壮观的太空大战。共和国取得了胜利，联盟的格里弗斯将军和杜库伯爵劫持了议会的帕尔帕庭议长作为人质，正准备逃离共和国。欧比旺和安纳金分别驾着共和国的战机去营救议长，途中遭到联盟机器军的拦截。最终，两人降落在贸易联盟的飞船上，与格里弗斯将军的机器军展开一场大战。

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大门打开，两人看到帕尔帕庭坐在椅子上，双手被缚。正要解救议长，两人忽然感觉到一股强大的黑暗原力――杜库走了进来。欧比旺和安纳金亮出光剑，一红两兰三把光剑激烈地战在了一起。欧比旺被杜库的原力抛起撞到墙上，昏了过去。安纳金面对这个让他三年前失去右手的西斯，心底燃烧起愤怒的火焰。他砍掉了杜库的双手，夺取了杜库的光剑。帕尔帕庭命令安纳金干掉了杜库，但格里弗斯逃走了。

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　在这次绑架事件后，帕尔帕庭要求绝地长老会继续赋予他军事权，直到追捕到格里弗斯，并要求任命安纳金做他在长老会的私人代表。长老会对帕尔帕庭迟迟不交出兵权早已心存疑虑，现在对他自行任命的做法更加反感，因此要求安纳金监视帕尔帕庭，但安纳金认为背叛议长就是背叛共和国。安纳金已经和阿米达拉·帕德梅秘密结婚，因为身为绝地武士，这是绝对不允许的。欧比旺注意到他们两人的关系比较微妙，但什么也没说。

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帕尔帕庭极力诱导安纳金接受原力的黑暗面，并且暗示他绝地长老会试图颠覆共和国。而担心失去阿米达拉·帕德梅的安纳金也开始向帕尔帕庭靠拢，因为帕尔帕庭暗示安纳金自己可以教给他能延续人生命的黑暗原力。同时因为迟迟不被获准“大师”头衔，安纳金对长老会也心怀不满。他和帕尔帕庭的过分接近导致与阿米达拉·帕德梅的矛盾，也导致绝地长老会对他更加的不信任。

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隐藏极深的西斯皇帝仍在暗中操纵分裂主义联盟军。他授意格里弗斯把包括贸易联盟在内的所有分裂分子头目都集中转移到木法星，而他新收的学徒将全面接管他们的安全保卫工作。

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欧比旺带领克隆军一同进攻格里弗斯。欧比旺在关键时刻用原力夺取激光枪，干掉了将军。由于格里弗斯将军是全银河系分裂主义联盟的机器军首脑，他一死，所有的机器军团都瘫痪了。历时三年的“克隆人大战”终于结束！

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　格里弗斯被消灭了，帕尔帕庭终于向安纳金说出了自己就是传说中的西斯首脑。安纳金赶往绝地长老会将情况告诉了温杜大师。温杜率领着三名绝地武士立即赶往帕尔帕庭的官邸，要求他交出军事权。而议长把光剑悄悄藏在了袍子内，并开启了录像装置，等着他们的到来。当四位绝地拿着光剑面对议长时，他装作惊慌地叫着“谋杀！造反！”，然后忽然抽出光剑，毁掉了录像装置，并用前所未见的剑法杀死了除温杜外的其他绝地大师。他向温杜大师施展出西斯的原力闪电，在发力的过程中他的脸不断抽搐，终于显露出西斯皇帝狰狞的真面目！然而他依然不是温杜的对手。匆匆赶来的安纳金要求把帕尔帕庭提请议会审判，温杜说帕尔帕庭已经控制议会，他准备直接结果帕尔帕庭。安纳金愤怒地拔剑，砍断了温杜拿剑的手。帕尔帕庭则用西斯闪电把温杜扔出了窗外。