17-2原日军士兵境昌平在2000年7月接受记者采访，提供了他用毛笔书写的日记，其中记录了日军第九师团步兵第三十六联队12月13日在下关用重机枪屠杀中国战俘的场景。他是负责押运战俘前往屠杀地点的，由于屠杀地点设在突堤以下，战俘看不到以为是要释放他们，还对境昌平说“谢谢”。境昌平还记载了日本海军的士兵和穿和服的日本平民拿中国人练习刀术的过程。
第二种说法，南京大屠杀的确发生过，但死亡人数值得重新计算。
这是目前日本市场比较大的一种观点，包括日本的历史教科书，也取消了一直以来“死亡三十万人”的内容。事实上对南京大屠杀的报道，日本并不是战后才开始的。讲演通讯社的《野战邮便旗》杂志最早曾在1941年2月10日描述了在南京日军曾经进行的大屠杀，并称这是为了“威慑敌人，促使蒋政府放弃抵抗”。
然而，日方颇有舆论认为，中方认定的南京大屠杀造成30万人死亡的数目太大，实际死亡人数低于此。如早稻田大学教授洞富雄曾在1982年发表的《南京大屠杀》一文中考证当时南京民间掩埋尸体约四万余，崇善会堂等慈善机构掩埋的遗体十五万五千，并据此推测当时死亡人数为约二十万人。
日方并经常引用东京审判判决中关于南京大屠杀的内容——“占领南京的一个月期间，共计杀害战俘三万人，包含男女儿童的非战斗员一万二千人，周边居民两万。同时，近郊的难民有五万七千人被证明因虐杀和饥饿而死。”由于这只是部分地区的统计结果，东京审判法庭推定南京大屠杀“死亡二十万人”。
日方较多人认为大屠杀实际死亡人数在数万人，因为1938年3月9日《大公报》曾发表文章，称南京大屠杀死者6－7万。甚至有的日本人认为南京大屠杀死亡人数仅仅数千人，因为拉贝日记中写过这样的话：“放下武器逃入安全区的中国兵被搜捕，以数千人为单位有组织地处死”，他们显然没有理解“为单位”的含义。此外，曾任当时日本大使馆参事的日高信六郎声称，当时南京市人口总计不过三十万，不可能都被杀光，所以三十万的数字不够准确。
这种观点也可说是以偏概全。首先，《大公报》1938年报道南京大屠杀时根本无法到当地考察，死亡数字属于推断，不足为凭。其次，除了掩埋的尸体外，日军承认曾将大批尸体抛入长江，或焚尸灭迹。因此，根据掩埋尸体数量统计死亡人数，应有一定缺口。至于南京人口问题，日高统计的数字仅仅是安全区内的居民，事实上大屠杀发生的地区囊括整个南京及其郊区。南京人口在战前为101万9千人，南京战役打响的11月23日，市长马超俊尚表示南京还有市民五十多万，难民二十多万。
由于上海、松江、苏州等地的失陷，大批难民涌入首都南京。当时国民政府和普通民众对于日军会攻占南京普遍思想准备不足，实际日本大本营最初也不准备占领南京。而当日军大举快速进犯，由于运输工具不足，加上南京卫戍司令唐生智下令封江，大批难民只得滞留南京直到日军破城，他们的人数无法统计。由于没有当地固定户口、住处和社会关系，在此后日军追捕“败残兵”、“便衣兵”的过程中，难民是首当其冲的受害者。
17－3原日军士兵松田五郎在2001年5月提供给新闻界的日记。下面的说明记录道：松田五郎的日记记载，在12月14日一天，他所在的分队大约10个人，就杀掉了55个中国人。松田当时是日军第三师团步兵第六十八联队第二大队的士兵，在他的日记中记录了他所在的10人分队先后屠杀手无寸铁的中国人250名，以及日军强奸中国女性的经过。
南京大屠杀的遇难人数，最终恐怕还需要更多的历史考证来证实。但是，无论死亡人数是数万还是三十万，都无法改变南京确曾发生了大屠杀的事实，只是一个大屠杀的规模问题。